別居していても、本人との生計維持関係が認められれば、被扶養者になります。
健康保険の被扶養者の範囲は、被保険者の直系尊属（父母、祖父母、曾祖父母等）、配偶者（事実上の婚姻関係と同様の事情にある場合を含みます。以下同じ）、子、孫、兄弟姉妹のほか、同一世帯にある3親等以内の親族です。
したがって、別居していても、両親は被扶養者になることができます。
ただし、生活費の半分以上を被保険者の仕送りなどによって、賄っているなど、被保険者がその世帯の生計維持の中心的役割を果たしていなければなりません。
なお、被扶養者の年収は130万円（60歳以上または障害厚生年金受給者は180万円）未満であることが必要です。

また、別居している義父母は被扶養者にすることができません。
義父母を被扶養者とするには、主としてあなたが生計を維持していることと、同居していることが条件になります。
したがって、この場合は国民健康保険に加入することになります。